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辦公室（保密辦公室）負責行政工作的管理、檢查、督辦，協調日常運轉；承擔公文流轉、安全保密、密碼管理、新聞宣傳、辦公信息化、信訪、保衛、機要、檔案管理和綜合統計等工作，承擔內部審計工作。

 

黨委辦公室（簡稱“黨辦”）負責黨委的日常運轉工作，負責思想政治建設、基層黨組織建設、精神文明建設等工作，協助黨委領導工青婦等群眾工作和統戰工作。

 

紀委辦公室（簡稱“紀辦”）負責紀委的日常運轉工作，承擔監督執紀問責等相關工作。

 

人事處（離退休干部處）負責干部選拔、干部監督、人才隊伍建設、教育培訓、勞動工資、研究生培養、博士后工作站、干部人事檔案管理、離退休人員管理等工作。

 

財務資產處（簡稱“財務處”）是中心財務、國有資產和政府采購的歸口管理部門。主要職能是，負責建立健全中心內部的財務管理制度、編制中心的部門預算和財務決算；負責各類資金的統一集中管理；指導和監督中心資產和政府采購管理的執行情況。

 

業務發展與國際合作處（簡稱“業務處”）負責業務和科技發展規劃，管理業務科研項目、科技創新平臺和重大專項，管理成果轉化項目，組織成果轉化推廣，組織國際合作、學術交流及學會協會等工作。

 

項目管理處（簡稱“項目處”）負責海洋環境保障工作的歸口管理。

 

質量管理處（總工程師辦公室）（簡稱“質管處”）負責質量管理體系有效運行管理、標準化管理、業務科研項目技術管理、認證認可管理等工作。